As doenças autoimunes podem afetar quase todas as partes do corpo, incluindo coração, cérebro, nervos, músculos, pele, olhos, articulações, pulmões, rins, glândulas, trato digestivo e vasos sanguíneos.

Os sintomas de uma doença autoimune variam conforme a doença e a localização da resposta imune anormal. Entre os sintomas que ocorrem frequentemente com doenças autoimune estão lesões na pele, queda de cabelo, dor nas articulações, cansaço, febre e mal-estar geral.

Os sintomas das doenças autoimunes podem aparecer e desaparecer.

O sintoma clássico de uma doença autoimune é inflamação, a qual pode ocasionar vermelhidão, calor, dor e inchaço.

Se a doença atacar as articulações, como na artrite reumatóide ou na artrite psoriática, aparecem dor nas articulações, rigidez e perda de função.

Se afetar a tiróide, como na doença de Graves e tiroidite, pode causar cansaço, aumento de peso e dores musculares.

Se atacar a pele, como na esclerose sistémica,  vitiligo e lúpus eritematoso sistémico, pode causar feridas, bolhas e alterações de cor.