São conhecidas mais de 80 doenças autoimunes, sendo as mais comuns:

• Anemia perniciosa.

• Artrite Reumatóide

• Artrite psoriática

• Cirrose biliar primária

• Colangite esclerosante

• Dermatomiosite / Polimiosite

• Diabetes juvenil (diabetes do tipo 1)

• Doença celíaca

• Doença de Crohn

• Esclerodermia

• Esclerose múltipla

• Esclerose sistémica

• Glomerulonefrite

• Hepatite autoimune

• Lúpus

• Miastenia gravis

• Pênfigo

• Púrpura trombocitopénica idiopática

• Psoríase

• Síndrome antifosfolípidico

• Síndrome de Sjogren

• Tireoidites (Graves, Hashimoto)

• Uveíte

• Vasculites

• Vitiligo